Beaucoup plus importante, elle comprend une douzaine de genres et environ 50 espèces de chauves-souris à queue gainée; en effet, cet appendice toujours bref a sa partie basale incluse dans le patagium interfémoral, puis il sort sur la face dorsale de cette peau et son extrémité est libre.
L’insertion de la peau qui recouvre la queue est assez lâche et lui permet de glisser de bas en haut sur les vertèbres caudales. Les ailes se replient de façon particulière, car au repos la première phalange du troisième doigt se courbe en avant à son articulation avec le métacarpien et l’extrémité de l’aile se trouve rabattue. Certaines espèces d’Emballonuridae ont également la particularité de posséder une petite poche dans le patagium antébranchial, entre l’épaule et le coude. Ce sac existe par exemple chez les membres des genres suivants, qui vivent en Amérique du Sud et Centrale : Saccopteryx, Cormura, Peropteryx et Baliantiopteryx; une douzaine d’espèces de chauves-souris des hypogées appartenant au genre Taphozous (répandu en Afrique et Asie méridionale jusqu’aux Philippines et en Australie) ont elles aussi des sacs alaires qui contiennent des glandes produisant une substance sébacée rougeâtre, à odeur forte. Cette sécrétion a peut-être quelque importance sexuelle, car les sacs sont beaucoup plus volumineux chez les mâles que chez les femelles d’autres espèces. La plupart des Taphozous ont, en outre, un sac glandulaire qui s’ouvre sous le cou, et Diclidurus a une formation de même nature dans le patagium interfémoral, près de l’endroit où la queue émerge. La majorité des Emballonuridae ont une fourrure brune, noire ou grisâtre, mais il y a quelques exceptions remarquables. Rhynchonycteris naso (d’Amérique centrale et du nord de l’Amérique du Sud) petite espèce dont le museau se prolonge en trompe, a deux lignes sinueuses de couleur blanche sur la croupe; chez les espèces du genre Saccopteryx, il existe deux lignes en zigzag, blanches ou de teintes pâles, sur le dos. Certains Taphozous ont des tâches claires sur le corps, mais les animaux les plus frappants sont les 3 espèces de chauves-souris fantômes (Diclidurus), d’Amérique tropicale, qui sont entièrement blanches, ailes comprises. Personne n’a pu dire si cette étrange livrée présentait un avantage biologique pour ces bêtes. Une espèce voisine, Drepanycteris, de l’Amazonie, dont on ne connaît qu’un seul spécimen, a une coloration très pâle mais n’est pas blanche. Tous les Emballonuridae sont insectivores; ils dorment dans des cavernes, des fentes de rocher, dans les bâtiment, les arbres creux, généralement en petits groupes, quoique certaines espèces soient solitaires et que d’autres comme quelques Taphozous vivent en grandes colonies. En Amérique tropicale, Rhynchonycteris et Saccopteryx s’installent parfois à l’air libre sur un tronc d’arbre, sous un pont ou sous les feuilles d’un palmier. Elles ne se serrent pas les une contre les autres mais laissent un certain espace entre elles.