Ils sont nombreux. En plus des parasites internes (Protozoaires, comme Schizotrypanum vespertilionis; vers Plathelminthes, comme Plagiorchis et Lecithodendrium), ces Mammifères hébergent en effet une foule de parasites externes qui leur sont plus ou moins strictement inféodés; ils appartiennent pour la plupart aux groupes des Acariens (famille des Spinturnicidés, des Argasidés et des Ixodidés) et des Insectes.
La famille des Ixodidés est très commune dans les grottes d´Asie, d´Afrique et aussi d´Europe, où elle est représentée par une tique spécifique des Chiroptères, Ixodes vespertilionis. Les Ixodes sont des parasites temporaires qui ne s’implantent sur leur hôte que pour se nourrir de son sang ; en dehors de ces moments, les Ixodes vivent libres (processus identique à celui des autres espèces de tiques parasite de divers Mammifères, tels que chien, lapin, chat, etc..) et on peut alors les trouver assez fréquemment, immobiles, sur les parois de certaines grottes ; ce sont de petits Invertébrés de couleur brune, au corps ovoïdes dont le volume et l’aspect varient de ceux d’une lentille à ceux d’un gros pois, selon que l’individu est vide ou plein de sang après un repas. La famille des Argasidés possède deux parasites de Chiroptères : Antricola marginatus et Ornithodorus viguerasi, qui se révèlent très intéressants par leur biologie et leur écologie. Ces deux espèces se rencontrent dans les grottes chaudes de Cuba, où elles atteignent une densité allant jusqu’à deux mille exemplaires par m2, au voisinage des colonies de deux espèces cavernicoles de Phyllostomatidae, Chilonycteris fuliginosa et Phyllonycteris poeyi ; elles se concentrent dans les zones à température élevées. Ces deux Argasidés sont assez spécifiques de leur hôte : Antricola parasite Chilonycteris, Ornithodorus vit sur Phyllonycteris. A l’état adulte, ces Acariens sont guanophages et plus précisément, il semble qu’ils se nourrissent du jus de guano, car leur appareil buccal est en partie régressé. Les larves de A. marginatus peuvent, si elles en ont l’occasion, se fixer sur la peau humaine, et leur piqûre est très douloureuse après trois secondes de contact seulement.
Enfin, la famille des Spinturnicidés comprend de nombreuses espèces d´Acariens (genre Spinturnix) qui vivent uniquement sur les chauves-souris.
Parmi les Insectes parasites externes de Chiroptères, on trouve des Hémiptères (telles les punaises Cimex pipistrelli, en Europe, et Afrocimex leleupi, en Afrique), des Aphaniptères (les puces, qui appartiennent en majorité à la famille des Ischnopsillidés), des Diptères du groupe des Pupipares ; ces derniers appartiennent à la famille des Nycteribiidés (Nycteria, Basilia, Penicillidia) ; ces Diptères sont en réalité privés d’ailes, et ils sont donc des Aptères ; mesurant quelques millimètres, brun pâle, avec six pattes solides, ont les voit parfois courir rapidement à travers le pelage d’une chauve-souris tenue en mains; ils enfoncent leur appareil buccal à travers la peau de leur hôte et en absorbent le sang. D’autres Diptères parasites de chauves-souris sont les Streblidés (Ascodipteron, Paradyschiris) ; pourvus normalement de leurs deux ailes, ils ont des yeux réduits, sinon absents; cette dégénérescence est, bien entendu, consécutive ici à une adaptation à la vie parasite, et non pas à la vie souterraine.
Pour beaucoup de parasites, on a montré une préférence pour une espèce donnée de Chiroptères (c’est le phénomène de la spécificité parasitaire) ; de même, on a constaté que chez certains, le degré d’association est plus accentué que chez d’autres ; enfin, certaines espèces de chauves-souris sont beaucoup plus infestées de parasites que d’autres, les plus parasitées étant, comme il faut s’y attendre, les espèces dont le comportement grégaire est plus accentué.
Il resterait beaucoup à dire sur la biologie, le comportement, les mœurs de ces parasites. Nous nous limiterons à quelques aperçus, une étude plus complète nécessitant un travail de recherche à eux seuls.